В стране Cubold Kingdom принцесса разбивает сердце придворному магу. Тот в отместку поднимает армию нежити и пытается захватить мир. Антагонист случайно оживляет вместе с другими мертвецами легендарного героя. Восставший боец отправился в путешествие, чтобы положить конец чужим злодеяниям.

У игры необычный визуальный стиль. Все существа и растения пытаются выглядеть двухмерными в 3D пространстве. Из-за этого они смотрятся плоско и бумажно. В Skellboy изометрический вид и воксельная графика.

Воину доступно 5 типов оружия: меч, топор, булава, трезубец и посох. С помощью них он будет крошить зомби, летучих мышей, мертвых рыцарей и другую нечисть. Окончательно погибшие недруги разлетаются на куски. Можно их подбирать и прицеплять к герою вместо его базовых конечностей.

Все тут есть 100 "запчастей". Они обладают разными свойствами: увеличивают HP или урон, позволят ходить по лаве и т.п. Здоровье персонажа отображается в форме кубов. Кроме супостатов опасность на локациях представляют ловушки: падающие секиры, стреляющие пушки, выезжающие из пола шипы, вылетающие из стен дротики.