Мод дает возможность выбора. Можно начать проходить кампанию либо сразу перейти в свободную игру. Сталкер - Complete 2009 улучшает графику, вводит дополнительные атмосферные явления, увеличивает число погодных циклов. Здесь есть туман, что ухудшает видимость, яркие закаты и восходы, штормы и ливни разной силы. А в дождливую погоду происходит намокание. Качество анимации воды тоже возросло. Освещение на открытой местности было переработано. Создатели скорректировали движение Солнца и Луны (у неё теперь много фаз) с учетом географического расположения Зоны. Ночью на небе можно увидеть комету.
Научные костюмы теперь автоматически вводят лечебные препараты в тело владельца при уменьшении полоски здоровья. Саундтрек был расширен за счет добавления авторских композиций, включая треки с вокалом и 84 гитарные мелодии. Они звучат у Бармена, Сидоровича, на базе Долговцев и в других местах. Звуки окружения подверглись переработке и тоже были дополнены. Также была проведена оптимизация, за счет чего оригинальная ТЧ стала работать гораздо стабильнее. Помимо этого мододелы усовершенствовали искусственный интеллект противников. Ещё авторы исправили баги и внесли множество мелких исправлений.