Действия развиваются во времена Холодной войны на побережье Черного моря. Ваша главная цель - генерал Николай Жуков. Он готовит полномасштабную военную операцию, способную унести множество жизней. Игра адаптирована специально под шлемы виртуальной реальности.
На протяжении всего прохождения с вами будет связываться штаб, осуществляющий материально-техническую поддержку. В качестве напарника выступит советский агент, осуждающий действия своих соотечественников. Помимо главного босса Николая, за время кампании предстоит сразиться с одним специальным бойцом, который умудрится чуть ли не вывести героя из строя на несколько уровней.
Игровой процесс Phantom: Covert Ops представляет собой шпионский боевик, где вам предоставляется возможность действовать скрытно, перемещаясь в тени. Территория тщательно охраняется вражескими катерами и войсками. Предстоит обходить снайперов и вояк, использующих приборы ночного видения. В качестве укрытий можно использовать кусты, туннельные системы, подвесные переходы и т.д.
Также на пути вас ждут турели и различные мины, расставленные по локациям. Геймплей позволяет решить поставленную задачу несколькими способами. Каждая новая миссия предлагает индивидуальный челлендж. Где-то вам необходимо проникнуть в охраняемую зону, либо же отключить источник питания и многое другое. Доступен режим испытания, бросающий вызов вашим умениям и навыкам.